Temenggong Daeng Ibrahim, người sáng lập Tanjung Puteri, nay là Johor Bahru

Do một tranh chấp giữa người Mã Lai và người Bugis, Vương quốc Johor-Riau phân ly vào năm 1819 với Vương quốc Johor đại lục nằm dưới quyền kiểm soát của Temenggong Daeng Ibrahim còn Vương quốc Riau-Lingga nằm dưới quyền kiểm soát của người Bugis.[16] Temenggong có ý định lập một trung tâm hành chính mới cho Vương quốc Johor để lập một triều đại dưới thể chế Temenggong.[17] Do Temenggong có sẵn một quan hệ mật thiết với người Anh và người Anh có ý định nắm quyền kiểm soát đối với các hoạt động mậu dịch tại Singapore, một hiệp định được ký kết giữa Sultan Ali và Temenggong Ibrahim tại Singapore vào ngày 10 tháng 3 năm 1855.[18] Theo hiệp định, Ali sẽ được đăng quang làm Sultan của Johor và nhận 5.000 real Tây Ban Nha cùng trợ cấp 500 real mỗi tháng.[19] Đổi lại, Ali được yêu cầu nhượng chủ quyền lãnh thổ Johor (ngoại trừ Kesang thuộc Muar) cho Temenggong Ibrahim.[16][19] Khi hai bên chấp thuận yêu cầu lãnh thổ của Temenggong, ông đặt tên cho khu vực là Iskandar Puteri và bắt đầu cai trị từ Telok Blangah tại Singapore.[11] Do khu vực vẫn là một khu rừng rậm chưa khai phá, Temenggong khuyến khích người Hoa và người Java di cư đến để khai hoang đất đai và phát triển nền kinh tế nông nghiệp tại Johor.[20] Người Hoa trồng hồ tiêu và hắc nhi trà,[21] còn người Java đào kênh để thoát nước, xây đường, và trồng dừa.[22] Trong thời gian này, một thương nhân người Hoa là Hoàng Á Phúc đến; đương thời người Hoa và Java đưa đến các hệ thống khế ước lao động.[20][23][24] Sau khi Temenggong qua đời vào ngày 31 tháng 1 năm 1862, đô thị được đổi tên thành Johor Bahru và con trai ông là Abu Bakar kế vị cai quản với trung tâm hành chính dời từ Telok Blangah đến khu vực vào năm 1899.[11]

Sultan Abu Bakar, được công nhận là người sáng lập thành phố Johor Bahru hiện đại[20]

Trong giai đoạn đầu thời gian Abu Bakar cai quản, người Anh chỉ công nhận ông như một maharaja thay vì một sultan. Năm 1855, Bộ Thuộc địa Anh bắt đầu công nhận vị thế của ông như một Sultan sau khi ông tiếp kiến Nữ vương Victoria.[25] Ông tìm được cách lấy lại lãnh thổ Kesang sau một cuộc nội chiến với viện trợ của quân Anh và ông thúc đẩy cơ sở hạ tầng của thị trấn và kinh tế nông nghiệp.[25][26] Cơ sở hạ tầng như Thánh đường Quốc gia và Vương cung được xây dựng với viện trợ của Hoàng Á Phúc, nhân vật này trở thành một người bảo trợ mật thiết cho Sultan từ khi ông di cư đến trong thời gian Temenggong trị vì.[27] Do quan hệ Johor-Anh trở nên mật thiết, ông cũng lập chính phủ của mình theo cách thức của Anh và thi hành một hiến pháp của Johor.[16][25] Tại Johor Bahru, phần mở rộng của đường sắt Bán đảo Mã Lai được hoàn thành vào năm 1909,[28] và một đường đắp cao được hoàn thành vào năm 1923 liên kết các hệ thống đường sắt và đường bộ giữa Singapore và bán đảo Mã Lai.[29] Johor Bahru phát triển khiêm tốn trong giai đoạn giữa hai Thế chiến. Tòa nhà Sultan Ibrahim được hoàn thành vào năm 1940, được xem như một nỗ lực của Chính phủ thực dân Anh nhằm tổ chức hợp lý hóa quản trị.[30]

Các binh sĩ Nhật Bản cúi mình trên đường phố Johor Bahru trong giai đoạn cuối của Chiến dịch Mã Lai.

Quá trình phát triển của Johor Bahru bị gián đoạn khi quân Nhật dưới quyền Tướng quân Tomoyuki Yamashita xâm chiếm đô thị vào ngày 31 tháng 1 năm 1942. Quân Nhật tiến đến phía tây bắc của Johor từ ngày 15 tháng 1, do vậy họ dễ dàng chiếm các đô thị chính của Johor như Batu Pahat, Yong Peng, Kluang và Ayer Hitam.[31] Quân Anh và các lực lượng Đồng Minh khác buộc phải triệt thoái hướng đến Johor Bahru; tuy nhiên sau một loạt cuộc oanh tạc của Nhật Bản vào ngày 29 tháng 1, người Anh triệt thoái sang Singapore và cho phá đường đắp cao vào hôm sau nhằm ngăn bước tiến của quân Nhật.[31] Sau đó, người Nhật sử dụng dinh thự của Sultan là Istana Bukit Serene tại thị trấn làm căn cứ chính tạm thời để phục vụ kế hoạch chinh phục Singapore trong khi chờ nối lại đường đắt cao.[32][33]

Người Nhật sửa đường đắp cao trong chưa đến một tháng và dễ dàng xâm chiếm toàn đảo Singapore.[34] Sau khi thế chiến kết thúc, vào năm 1946 thị trấn trở thành tâm điểm của chủ nghĩa dân tộc Mã Lai tại Malaya. Một chính trị gia Mã Lai tại địa phương là Onn Jaafar thành lập Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất vào ngày 11 tháng 5 năm 1946 trong bối cảnh người Mã Lai biểu thị rằng họ phần lớn vỡ mộng trước hành động của Chính phủ Anh trong việc cấp quyền công dân cho những người phi Mã Lai trong Liên minh Malaya được đề xuất.[35][36] Sau đó, một thỏa thuận về chính sách đạt được tại Johor Bahru, theo đó người Mã Lai chấp thuận thế thống trị về kinh tế của người phi Mã Lai còn người phi Mã Lai chấp thuận thế thống trị về chính vụ của người Mã Lai.[37] Tuy nhiên, xung đột chủng tộc giữa người Mã Lai và người phi Mã Lai, nhất là người Hoa, tiếp tục bùng lên kể từ Tình trạng khẩn cấp Malaya.[38]

Năm 1963, Liên bang Malaya cùng với North Borneo, Sarawak và Singapore hình thành Malaysia,[39] Johor Bahru duy trì là thủ phủ cấp bang và tiếp tục phát triển, với đô thị được mở rộng và xây dựng nhiều khu đô thị và khu công nghiệp. Đối đầu với Indonesia không tác động trực tiếp đến Johor Bahru do điểm đổ bộ chính của Indonesia tại Johor là Labis.[40] Chỉ có một tổ chức gián điệp của Indonesia tại đô thị mang tên Gerakan Ekonomi Melayu Indonesia (GEMI), lôi kéo các cộng đồng Indonesia cư trú tại địa phương để họ cung cấp thông tin cho các biệt kích Indonesian cho đến sự kiện đánh bom MacDonald House tại Singapore.[41] Đến đầu thập niên 1990, đô thị được mở rộng đáng kể về kích thước, và chính thức được cấp vị thế thành phố vào ngày 1 tháng 1 năm 1994.[42] Hội đồng Thành phố Johor Bahru được thành lập và quảng trường chính hiện tại của thành phố là Dataran Bandaraya Johor Bahru được xây dựng để kỷ niệm sự kiện này. Một khu kinh doanh trung tâm được phát triển tại trung tâm của thành phố từ giữa thập niên 1990 tại khu vực quanh phố Wong Ah Fook và đường đắp cao Johor–Singapore. Chính phủ cấp bang và liên bang cấp kinh phí đáng kể để phát triển thành phố, đặc biệt là sau khi hình thành hành lang phát triển Iskandar Malaysia vào năm 2006.[43][44]